Właściciele Wspólnoty realizują również zadania z zakresu ochrony przyrody. Jest to ważny aspekt działalności z uwagi na fakt, że ponad 2200 ha lasów znajduje się w granicach Tatrzańskiego Parku Narodowego. Właściciele Wspólnoty i Dyrekcja Parku wypracowali zasady wzajemnej współpracy, godzącej ochronę przyrody z możliwością racjonalnego użytkowania lasu. Zawsze w pierwszej kolejności pozyskiwane są pożytki przygodne, a w miarę potrzeb wstrzymywane cięcia planowe, aby nie przekroczyć rocznego etatu cięć. Wiek wyrębu świerka i jodły podwyższono przeciętnie o 40 lat. W lasach Wspólnoty preferowana jest zrywka drewna przy użyciu koni, aby minimalizować niszczenie roślinności (naturalnych odnowień) i gleby ( możliwość erozji).
Najbardziej wartościowe przyrodniczo drzewostany o łącznej powierzchni 360 ha wyłączone zostały z użytkowania i traktowane są jako ochronne. Ochronie podlegają również cenne przyrodniczo pojedyncze drzewa jodły i świerka, rosnące na terenie całej wspólnoty ( np. jodła o masie 12,7 m3 lub 400-letnie świerki).
Występujące licznie w Dolinie Chochołowskiej wapienne i dolomitowe skałki są cenną ostoją muraw naskalnych, a w rejonie Korycisk występuje jedyne w Polsce miejsce rośliny endemicznej dla zachodnich Karpat - sasanki słowackiej. Na Siwiańskich Turniach, zajmujących obszar około 2 ha, na wierzchołkach skał rośnie reliktowa sosna.
Spośród roślin zielnych około 30 objętych jest ochroną gatunkową. Szczególną osobliwością jest 9 gatunków storczyków, a także 3 rośliny endemiczne: urdzik karpacki, goździk wonny i kostrzewa tatrzańska.
Na uwagę zasługuje kompleks torfowisk z występującymi na nich bardzo rzadkimi, zagrożonymi wyginięciem i będącymi pod ochroną, gatunkami takich roślin jak: tłustosz pospolity, rosiczka okrągłolistna i rosiczka długolistna.
Największym zwierzęciem na terenie Wspólnoty jest niedźwiedź brunatny. Pojawia się on w pobliżu polan, na których wypasane są owce i próbuje na nie polować, często z dobrym efektem. Na podstawie wieloletnich obserwacji można sądzić, że na terenie Doliny Chochołowskiej znajdują się dwie lub trzy gawry niedźwiedzia.
Spośród rzadkich ptaków zamieszkujących omawiany teren wymienić można orła przedniego, puchacza i bociana czarnego. Ptaki te gniazdują i wychowują młode.
Całość lasów Wspólnoty ma status lasów glebochronnych i wodochronnych.